随着生物技術的發展，科研人員可以通過DNA重組技術，構建包含目的基因以及表位标記的融合蛋白，進而通過特異性标簽抗體對其鑒定與純化，以達到研究的需求。常用的标簽包括Flag、HA、His、GFP、Myc、GST、V5、MBP，Strep-tag等，這些标簽均可使用對應标簽抗體來檢測和帶标簽的目的蛋白的表達、細胞内定位，以及純化、定性或定量，蛋白互作的研究等。

Flag标簽

Flag标簽序列爲DYKDDDDK的短肽。

可位于蛋白質的C端或N端，該系統已廣泛應用于各種細胞類型，包括細菌、酵母和哺乳動物細胞等，相應的Flag标簽抗體也被廣泛應用。由于Flag标簽系統的純化條件是非變性的，因此可以純化所有有活性的融合蛋白。Flag标簽可以通過加入腸激酶處理去除，腸激酶專一識别該肽序列C末端的5個氨基酸殘基。

His标簽

His标簽序列爲6-10個組氨酸(His-His-His-His-His-His)組成的短肽

大多設計用于重組蛋白質的親和純化。由于分子量較小，并且較容易分離和純化，His融合标簽與其他标簽相比有很多明顯優勢，是目前用于純化的融合标簽中使用最爲廣泛的一種。利用 His标簽可以建立一個基于融合蛋白的高效檢測和純化系統。

HA标簽

HA标簽序列爲 YPYDVPDYA的短肽。

可位于蛋白質的C端或N端，該系統已廣泛應用于多種細胞類型，相應的HA标簽抗體也被廣泛應用。HA标簽抗體能特異識别C末端或N末端帶有HA标簽(HA-tagged)的融合蛋白。

C-Myc标簽

C-Myc标簽序列爲EQKLISEEDL的短肽。

C-Myc标簽已成功應用于WB雜交技術、免疫沉澱IP和流式細胞術中，也可用于檢測重組蛋白在細菌、酵母、昆蟲細胞和哺乳細胞中的表達情況。Myc重組蛋白質可通過偶聯Myc标簽抗體到二乙烯砜活化的瓊脂糖上而進行親和純化。Myc标簽可放在C端或N端，但Myc重組蛋白的低pH洗脫條件往往會降低蛋白質的活力，因此Myc标簽系統廣泛應用于檢測，也有少量應用于純化。

GFP标簽

GFP大小約26KD的綠色熒光蛋白。

GFP蛋白質最早是由下村修等人在1962年在一種學名Aequorea victoria的水母中發現。該蛋白質在藍色波長範圍的光線激發下，會發出綠色螢光。GFP或其突變體EGFP等被廣泛用于基因表達效率的檢測，以及和目的蛋白融合表達用于檢測目的蛋白的表達和分布。一般來說，GFP抗體不僅可以檢測GFP或其适當的突變體，也可以檢測和GFP或其适當的突變體融合表達蛋白的表達、細胞内定位，以及純化、定性或定量檢測GFP融合表達蛋白等。

GST标簽

GST大小約27KD的谷胱甘肽S轉移酶。

GST體系具有蛋白表達産率高、表達産物純化方便等特點。GST融合蛋白在水溶液中可溶，可從細菌裂解液中提取，在不變性的條件下通過親和層析得到。在原核表達體系中，谷胱甘肽S轉移酶GST表達純化系統的應用非常普遍。

V5标簽

來源于副粘病毒SV5的P / V蛋白的95-108位氨基酸（GKPIPNPLLGLDST）

V5 标簽常用于跨膜型蛋白和分泌型蛋白的融合表達，常被融合表達于靶蛋白的 N 末端或者 C 末端，以便對靶蛋白進行分析和鑒定。