免疫共沉澱

基于抗原-抗體特異性結合，用于研究天然狀态下蛋白質相互作用的經典方法

1.細胞裂解獲取目的蛋白溶液

2.預純化與抗體孵育

3.免疫沉澱富集蛋白與洗雜

4.洗脫互作複合體與分析(WB或質譜檢測)

生理條件下檢測内源性互作，真實可靠，可分離多組分蛋白複合物

靈敏度限制可能無法檢測低親和力或瞬時的相互作用，需高質量抗體，可能産生假陽性，裂解條件需優化以避免破壞互作

Pull-down 實驗

重組蛋白（如GST标簽蛋白）作爲”誘餌”捕獲結合蛋白

1.GST Pull-down          2.His标簽Pull-down

驗證體外直接相互作用

有活性的目的蛋白難表達獲得，不是生理條件下檢測可能存在假陰性

酵母雙雜交系統

轉錄因子拆分後通過蛋白互作重建活性

高通量篩選互作蛋白

限于核内蛋白，存在假陽性/陰性

熒光共振能量轉移（FRET）

熒光共振能量轉移（Fluorescence Resonance Energy Transfer, FRET）是一種基于非輻射能量傳遞的分子間相互作用檢測技術，需熒光标記蛋白

可檢測距離<10nm的相互作用，可實時觀測活細胞動态，無需破碎細胞，保留天然構象與翻譯後修飾狀态

供受體發射光譜重疊導緻假陽性，結果受表達水平、局部pH等因素影響，熒光蛋白體積可能幹擾目标蛋白功能  

生物膜幹涉技術（BLI）

基于白光幹涉原理，通過檢測傳感器表面生物膜層厚度變化來實時監測分子相互作用

無需熒光/同位素标記，保留分子天然構象，可定量分析結合動力學，可直接檢測粗提液、血清等複雜樣本

小分子（<150Da）信号較弱，需高濃度樣本，抗原多聚化導緻假陽性（如三明治法需單體抗原），固相化可能改變配體構象，專用傳感器耗材價格較高